Beginn der Juwelensplittersuche
Am Ende des 20. Jahrhunderts wird Kikyōs Seele in Kagome Higurashi wiedergeboren, die dadurch auch das Shikon no Tama in sich trägt. Sie ahnt von dieser Tatsache jedoch nichts. Sie lebt zusammen mit ihrer Mutter, ihrem Großvater, ihrem kleinen Bruder Sōta und dem Kater Buyo in einem Schrein in Tokio.
An ihrem 15. Geburtstag wird Kagome von einem Yōkai in den Brunnen des Schreins gezogen. Dieser Brunnen bildet ein Zeitportal zwischen Inu Yashas und ihrer Zeit, durch das nur sie und Inu Yasha reisen können. Sie reist 500 Jahre in die Vergangenheit zurück und landet in der Zeit 50 Jahre nach Kikyōs Tod. Hier trifft sie auf den schlafenden Inu Yasha und befreit ihn von seinem Bann. Der Yōkai, der Kagome in den Brunnen zog, reißt ihr das Shikon no Tama aus dem Leib. Das Juwel der Vier Seelen taucht damit wieder in der Zeit Inu Yashas auf und erneut wollen alle Yōkai in den Besitz des Juwels gelangen.
Im Kampf gegen einen Krähendämon, der ihr das Shikon no Tama gestohlen hat, trifft Kagome mit einen Pfeil unbeabsichtigt das Juwel, welches daraufhin zersplittert. Diese Splitter verteilen sich in alle Himmelsrichtungen. Nun liegt es an Kagome und Inu Yasha, die Splitter wieder einzusammeln und zu einem Juwel zusammenzufügen, bevor ihnen jemand zuvor kommt.
Auf ihrer Suche treffen sie zuerst auf Inu Yashas Halbbruder und Hundeyōkai Sesshōmaru. Dieser ist auf der Suche nach Tessaiga, dem Schwert seines Vaters, welches „hundert Dämonen mit einem Schlag töten“ kann. Jedoch ist Tessaiga für Inu Yasha bestimmt und kann deswegen von vollwertigen Yōkai wie Sesshōmaru nicht geführt werden. Bald darauf treffen Kagome und Inu Yasha auf den jungen Kitsune Shippō, eine Art Fuchsdämon. Dieser begleitet die beiden von nun an, da seine Familie von anderen Dämonen getötet wurde.
Einige Zeit später wird Kikyō von der Dämonin Urasue aus Graberde und Knochen als eine Art Golem wiederbelebt. Kikyō will sich nun an Inu Yasha rächen, wobei sie herausfindet, dass Naraku beide hereingelegt hat. Daraufhin will sie Naraku töten, aber dennoch auch Inu Yasha mit in den Tod nehmen. Kagome verhindert dies, da sie sich inzwischen auch in Inu Yasha verliebt hat.
Auf ihrer Suche nach den Juwelensplittern stoßen die drei Freunde bald auf den buddhistischen Mönch (Hōshi) Miroku, der auch Juwelensplitter sammelt, damit sie nicht Dämonen in die Hände fallen. Nach einem kurzen Kampf gegen Inu Yasha schließt sich Miroku der Gruppe an.
Später trifft die Gruppe auf die Dämonenjägerin Sango und ihre Katze Kirara (eine Nekomata). Sangos Familie wurde von Naraku durch eine List getötet und das Dorf der Dämonenjäger in einem Überfall zerstört. Nur Sango und ihr kleiner Bruder Kohaku überlebten. Naraku überzeugt Sango davon, dass Inu Yasha ihr Dorf zerstört hätte. Sie versucht darauf, sich an Inu Yasha zu rächen. Als sie die Wahrheit erkennt, schließt Sango sich der Gruppe an. Kohaku blieb durch einen Juwelensplitter in seinem Rücken am Leben, aber auch unter Narakus Kontrolle und wird von diesem nun gegen Inu Yashas Gruppe eingesetzt. Doch es gelingt der Gruppe, Naraku schwer zu verletzen, ohne Kohaku zu töten. Naraku kann seine Kräfte aber bald wieder vollständig herzustellen.
Die Freunde treffen auf den Wolfsyōkai Kōga, dem Anführer eines dämonischen Wolfsrudels. Dieser entführt Kagome und will diese wegen ihrer Fähigkeit, Juwelensplitter zu spüren, heiraten. Doch Inu Yasha verhindert dies und holt Kagome zur Gruppe zurück. Bald darauf bringen Naraku und sein Abkömmling Kagura mit einem Trick Kōga dazu, erneut gegen Inu Yasha zu kämpfen. Auch dieses Mal verliert er gegen Inu Yasha. Es gelingt jedoch den beiden, sich gegen Kagura und Narakus anderen Abkömmling Kanna zu behaupten. Kōga gibt Kagome aber nicht auf und reist ihr fortan hinterher, weswegen es häufig zu einer Rangelei zwischen ihm und Inu Yasha kommt, die Kagome meist schnell zu beenden versucht.
Erkenntnis Inu Yashas
Als Inu Yasha in der Folgezeit gegen einen weiteren Abkömmling Narakus kämpft, zerbricht sein Schwert Tessaiga. Dadurch wird Inu Yasha aus Selbsterhaltungstrieb zu einem Dämon und hat sich nicht mehr unter Kontrolle. Er besiegt Narakus Abkömmling und kann von Kagome zu seinem normalen Wesen zurückgeholt werden. Als Inu Yasha sich danach während Kämpfen ohne Tessaiga mehrmals in einen blutrünstigen Dämon verwandelt, fürchtet er, in diesem Zustand eines Tages seine Freunde umzubringen. Daher beschließt er, nicht mehr mit Hilfe des Shikon no Tama ein vollwertiger Yōkai zu werden. Das Schwert Tessaiga wird dem Yōkaischmied Tōtōsai übergeben, damit es dieser repariert.
Weiterhin jagen die Freunde Naraku, der mit Tricks versucht, sie zu besiegen. Inu Yasha wird in dieser Zeit stärker und erlernt neue Techniken seines Schwertes, indem er mächtige Gegner besiegt. Die Macht der Gegner geht auf Tessaiga über. Währenddessen sammeln beide Parteien weiter Splitter des Juwels. Nach einem Kampf Inu Yashas und Sesshōmarus gegen Naraku ist dieser verschwunden.
Der Berg Hakurei und die Shichinintai
Auf ihrer Wanderung gelangen die Freunde in die Nähe des Berges Hakurei, den eine starke Barriere umgibt. Diese Barriere läutert alle Wesen, die in sie eindringen. Auch Kikyō und Kōga sind aus unterschiedlichen Gründen auf dem Weg zu dem Berg.
Währenddessen hat Naraku sieben legendäre Krieger, die Shichinintai, mit Juwelensplittern wieder zum Leben erweckt. Diese sollen, unter ihrem Anführer Bankotsu, als Söldner gegen Inu Yasha und seine Freunde kämpfen. Der erste der Krieger wird von Kōga besiegt, nach und nach können auch die anderen Krieger bezwungen werden. Zur gleichen Zeit kann sich Naraku im Inneren des Berges Hakurei von seinem letzten Kampf vollständig erholen und wird sogar noch stärker als zuvor.
Es gelingt Naraku, Inu Yashas Gruppe und Kōga in eine Falle zu locken, aus der sie aber entkommen können. Jedoch tötet er scheinbar Kikyō vor den Augen Inu Yashas. Zudem kann er sein menschliches Herz in Form von Akago, einem Säugling, abspalten.
Ende der Splittersuche
Nach den Ereignissen am Berg Hakurei ziehen Inu Yasha und seine Freunde weiter, um die restlichen Splitter des Shikon no Tama einzusammeln. Doch Naraku hat einen Großteil der Splitter bereits in seinem Besitz. Währenddessen gelingt es einem mächtigen Mönch, Akago in zwei Teile zu teilen. Beide Teile überleben – einer beherbergt in Form eines Säuglings weiter Narakus Herz, der andere Teil wird zu Narakus Abkömmling Hakudōshi. Dieser schafft aus vielen Yōkai, die er tötet, den seelenlosen Dämon Mōryōmaru.
Als bekannt wird, dass sich der letzte Splitter im Jenseits befindet, beginnt ein Wettlauf dorthin. Dieser gipfelt in einem Kampf um den Splitter am Grab des Inu no Taishō, in dem es Inu Yasha gelingt, den Splitter zu erobern. In dieser Zeit beschließen Miroku und Sango, wenn Naraku einmal besiegt wurde, zu heiraten. Als sich nun Kohaku aus Narakus Bann lösen kann und Sango als seine Schwester wieder erkennt, muss er dies verbergen und weiter mit Naraku zusammenarbeiten, damit dieser ihn nicht erneut unter seinen Bann zwingt.
Kampf gegen Hakudōshi und Mōryōmaru
Da nun alle Juwelensplitter eingesammelt wurden, spitzt sich der Konflikt immer weiter zu. Naraku hat nun fast das ganze Juwel, doch seine Abkömmlinge Hakudōshi und Mōryōmaru, in dem sich Akago verbirgt und der ihm so eine Seele gibt, stellen sich gegen ihn. Hakudōshi kann daraufhin von Inu Yasha, Kagome und Miroku getötet werden, weil er von Naraku nicht mehr beschützt wird. Bald darauf wird Kagura von Naraku vergiftet, weil sie sich erneut gegen ihn wandte und erst Hakudōshi und dann Inu Yashas Gruppe half.
Sango erkennt, dass ihr Bruder sich wieder erinnern kann und nicht mehr von Naraku kontrolliert wird. Dieser schließt sich darauf Kikyō an, die Naraku mithilfe des vollständigen Shikon no Tama läutern und somit töten will. In der Folgezeit gelingt es Inu Yasha, neue Techniken seines Schwertes zu erwerben, doch dadurch kann er es nur noch schwer beherrschen. Auch Mōryōmaru erwirbt neue Fähigkeiten, indem er andere Yōkai besiegt. Dies wird von Naraku und seinem neuen Abkömmling Byakuya arrangiert, um beide gegeneinander auszuspielen. Auch Sesshōmarus Schwert Tenseiga erhält vom Schmied Tōtōsai die neue Technik Meido Zangetsua, mit der es einen direkten Zugang zum Jenseits öffnen kann.
Nach speziellem Training gelingt es Inu Yasha, sein Schwert wieder zu beherrschen und auch Kōga schließt sich der Gruppe um Inu Yasha an. Mōryōmaru trifft bald darauf auf Naraku und wird nach langem Kampf und der Einmischung von Inu Yasha und Kōga von diesem absorbiert. Auch das Baby, Narakus Herz, wird wieder ein Teil von ihm.
Vervollkommnung Tessaigas
Naraku verunreinigt nun Kikyōs und Kagomes Herz durch die Erinnerung an die Vergangenheit, damit der Splitter Kohakus nicht mehr in seiner Reinheit eingesetzt gegen ihn werden kann. Kohaku schließt sich daher Sesshōmarus Gruppe an. Kagome gelingt es bald darauf, die negativen Gefühle gegenüber Kikyō zu überwinden. Bei einem erneuten Kampf gegen Naraku kann dieser Kōgas Splitter aufnehmen, ohne geläutert zu werden und Kikyō schwer zusetzen. Nachdem Kōga nun seine Juwelensplitter verloren hat, verlässt er die Gruppe zusammen mit seinen Gefährten Ginta und Hakkaku. Kikyō stirbt an Narakus Gift, doch bleibt ein Teil ihrer Seele noch im Shikon no Tama in Naraku. Sie wird zum Licht im Juwel, das gegen ihn kämpft und verhindert, dass er den letzten Splitter des Juwels auch aufnehmen kann. Bald darauf stirbt auch Narakus Abkömmlng Kanna.
Zu dieser Zeit besucht Sesshōmaru seine Mutter in ihrem Schloss, um mehr über die Meido Zangetsua herauszufinden und stärker zu werden. Beim Training gelangen Kohaku, Rin und Sesshōmaru ins Jenseits, wo Rin stirbt. Als er mit Rins totem Körper zurückkehrt, wird er danke seines Bangens um Rins Leben stärker und seine Mutter belebt sie wieder. Bei einem Kampf gegen einen ehemaligen Feind seines Vaters, bei dem ihm Inu Yasha zuhilfe kommt, wird Sesshōmaru offenbart, dass Tenseiga von Tessaiga abgespalten wurde, um die Technik Meido Zangetsua von Tessaiga zu trennen. Nur durch die Anwesenheit Tessaigas gelingt Sesshōmaru eine vollständige Meido, wodurch er sich seinem jüngeren Bruder untergeordnet fühlt. Bald darauf bringt Naraku Sesshōmaru dazu, erneut gegen Inu Yasha zu kämpfen, um die Kräfte Tessaigas zu rauben. Doch beim Kampf geht auch die Meido Zangetsuha auf Tessaiga über und Sesshōmaru bleibt nur sein Tenseiga mit der Macht, Tote wiederzubeleben.
Kampf gegen Naraku
Naraku schuf nun Magatsuhi aus dem bösen Willen der Dämonen, die im Juwel versiegelt sind. Dieser greift Sesshōmaru und Kohaku an, da er von Kikyōs Bann nicht abgewehrt wird. Nachdem Inu Yasha eingreift und der Kampf gewonnen wird, erhält Sesshōmaru ein neues Schwert, Bokusaiga, und einen neuen linken Arm, die aus seinem eigenen Körper erscheinen, da er Tessaiga aufgab und seinen Vater übertraf. Das Schwert fügt dem Gegner auch dann noch Schaden zu, wenn es ihn nicht mehr berührt. So vernichtet er Magatsuhis Körper, doch dieser kann fliehen, da der Körper nur geliehen war.
Jedoch ist nun Kagomes Macht vom Anblick Magatsuhis vollständig versiegelt und Kohaku bewusstlos. Als Sesshōmaru abwesend ist, ergreift Magatsuhi Besitz von Kohaku, führt diesen zu Naraku und versucht Kohakus Herz zu verunreinigen, sodass Kikyōs Bann auf seinen Splitter nicht mehr wirkt. Beim erfolglosen Kampf gegen Magatsuhi wird Miroku schwer vergiftet, als er sein Kazaana einsetzt, Sango, Inu Yasha und Kagome folgen Magatsuhi und können Kohaku wieder zu Bewusstsein verhelfen. So ist dieser von Magatsuhi befreit und Sesshōmaru kann ihn vernichten, doch sind noch Teile Magatsuhis in Miroku und Rin erhalten. Naraku entführt Rin, um Magatsuhi bei sich zu haben, und greift erneut an, doch Kohaku und Inu Yasha stellen sich ihm entgegen. Es gelingt Naraku, Kohaku den Splitter zu entreißen und so das Juwel zu vervollständigen und verunreinigen. Dennoch überlebt Kohaku, weil der Wille Kikyōs aus dem Splitter in seinen Körper übergegangen ist und ihn am Leben hält.
Mit dem vollständigen Juwel der vier Seelen erlangt Naraku nun die Form einer riesigen schwarzen Spinne. Inu Yasha, Kagome, Sango, Miroku und Sesshōmaru brechen auf, um Naraku zu töten und Rin zu befreien. Sie dringen in sein Inneres ein, da ein Kampf von außen Rin gefährden könnte, werden aber bald getrennt. Währenddessen nimmt Narakus Körper die Form einer riesigen Kugel an und schwebt in die Luft. In seinem Körper versucht Naraku durch Illusionen und Gifte die Freunde dazu zu bringen, sich gegenseitig zu töten. Doch dies gelingt nicht und im Juwel erscheint nun wieder das Licht der Hoffnung. Schließlich können Inu Yasha, Kagome und Sesshōmaru Naraku schwer zusetzen und sein Körper wird nach und nach zerstört. Als Byakuya versucht, Kagome zu töten, wird er selbst von Inu Yasha umgebracht. Auch Kohaku, Shippō und Jaken treffen am Schauplatz ein. Als ein großer Teil von Narakus Körper durch Bokusaiga zerstört ist, treffen sich alle bei Narakus Kern, um ihn zu vernichten.
Trotz Narakus Drohung, bei seinem Tod auf das Dorf unter ihm zu stürzen, greift Sesshōmaru ihn an, woraufhin alle den Körper Narakus verlassen. Nach einem Angriff Inu Yashas von außen ist Naraku geschwächt und Kagome kann das Juwel sehen. Sie schießt darauf und trifft, als Naraku erkennt, das er sich in Wirklichkeit die Liebe Kikyōs wünschte. Als Naraku mit dem Juwel nun über dem knochenfressenen Brunnen verschwindet, wird Kagome von einer Meido Zangetsuha verschlungen, auch der Brunnen verschwindet. Aber auch Mirokus Kazaana ist verschwunden, der Fluch aufgehoben. Um Kagome zu finden springt Inu Yasha durch eine selbsterzeugte Meido Zangetsuha, während Kagome in einer Illusion innerhalb des Shikon no Tamas steckt. Aus dieser befreit sich sich durch die Erinnerung an Inu Yasha, verzweifelt aber nun an der Einsamkeit. Nach Narakus letztem Wunsch soll sie für ewig hier gefangen sein und, wie zuvor Midoriko gegen die Dämonen, einen ewigen Kampf gegen ihn führen. Als Inu Yasha Kagome erreicht, erkennt diese, was der richtige Wunsch ist und wünscht sich, dass das Juwel für immer verschwindet.
Nachdem beide aus dem Juwel befreit sind, lebt Kagome in ihrer Welt und geht auf die Oberschule, während Inu Yasha im Mittelalter bleibt. Sango und Miroku heiraten und bekommen drei Kinder, Shippō und Rin leben mit ihnen im Dorf und Kohaku wird Dämonenjäger. Als Kagome nach drei Jahren ihren Schulabschluss hat, kehrt sie zurück ins Mittelalter, heiratet Inu Yasha und lebt dort weiter.